Students & Collaborators

PhD students

Filipa Trovão, SFRH/BD/143494/2019, Biochemistry PhD Program

Translating the human-microbiome molecular cross-talk using glycan microarray and structural biology strategies

Co-supervision with Angelina Palma

filipatrovao_cv_052018.pdf

Present MSc students

CIÊNCIA ID: 181B-678A-70BD

I obtained my Bachelor’s Degree in Biochemistry at NOVA School of Science and Technology (FCT NOVA) in 2020. I am currently developing my Master’s thesis in Biochemistry at the Macromolecular Crystallography Group and GlycoLab, under the supervision of Dr Ana Luísa Carvalho and Dr Maria Angelina de Sá Palma. My current work focuses on the study of the carbohydrate-recognition systems in the commensal bacterium Bacteroides caccae (B. caccae) and their interaction with carbohydrates present in the human gut, using carbohydrate microarrays and X-ray crystallography techniques.

Former PhD students

Raquel Costa, PD/BD/135517/2018, MolBios PhD Program

Deciphering the human-microbiome glyco-code: an integrative approach to uncover protein-glycan interactions in the gut

Co-supervision with Angelina Palma

Viviana Correia, PD/BD/105727/2014, MolBios PhD Program

Deciphering carbohydrate:protein interactions in the Human Microbiome – A combined high-throughput and structural approach

Co-supervision with Angelina Palma

Diana Ribeiro, SFRH/BD/100569/2014, Biochemistry PhD Program

Protein-carbohydrate recognition in the biodegradation of the plant cell wall: Functional and structural studies using carbohydrate microarrays and X-ray crystallography

Co-supervision with Angelina Palma

Raquel Santos, PD/BD/105753/2014, MolBios PhD Program

Developing non-chromatographic strategies for biopharmaceuticals purification

Co-supervision with Ana Cecília Roque

Aldino Viegas, SFRH/BD/35992/2007, Molecular determinants of ligand specificity in carbohydrate-binding modules: an NMR and X-ray Crystallography integrated study

Co-supervision with Eurico Cabrita and Maria dos Anjos Macedo

Former MSc students

André Griffin de Almeida Favinha, Protein-carbohydrate recognition by the human commensal Bacteroides thetaiotaomicron: expression, purification and preliminary 3D structure solution of highly specific proteins (co-supervision with Angelina Palma)

Raquel Costa, Ligand discovery and structural-functional analysis of proteins involved in plant cell wall degradation (MSc student of Biochemistry) (co-supervision with Angelina Palma).

Elizabeth Nelly Pires, Structural characterization of glyco-proteins from the envelope of HIV-2 virus (MSc student of Biochemistry) (co-supervision with Benedita Pinheiro).

Former hired Fellows

Raquel Costa, MSc Fellow hired under project PTDC/BBB-BEP/0869/2014

Presently, PhD student at FCT-NOVA

Filipa Trovão, MSc Fellow hired under projects PTDC/DTP-FTO/1981/2014 and PTDC/BBB-BEP/0869/2014

Presently, PhD student at FCT-NOVA

Sónia Barroso, Post-Doctoral Fellow hired under project RECI/BBB-BEP/0124/2012

Benedita Pinheiro, Post-Doctoral Fellow hired under projects PTDC/BBB-BEP/0869/2014 and PTDC/BIA-MIC/5947/2014

Isabel Bento, Post-Doctoral Fellow hired under project RECI/BBB-BEP/0124/2012

Presently, Staff Scientist at EMBL Hamburg

Lina Juknaité, Post-Doctoral Fellow hired under project PTDC-BBB-BEP-3058-2012

Presently, Post-Doctoral Fellow at IBMB, CSIC, Barcelona

Ramesh Pandian, Post-Doctoral Fellow hired under project RECI/BBB-BEP/0124/2012

Chelsea Gysin, Research student hired under project PTDC/QUI/68286/2006

Other graduate trainees
Frederico Lourenço, Characterization of carbohydrate binding modules using X-ray diffraction (MSc student supervised by Benedita Pinheiro) 
Tiago Mestre, Structural characterization of glyco-proteins from the envelope of HIV-2 virus (1st year MSc student of Biochemistry) 
Benedita Pinheiro, Structure, function and specificity of new cellulases and supramolecular complexes (post-doctoral fellow) 
Anna Kladova, Structural properties of xenobiotic reductases responsible for aromatic ring reduction
Filipe Freire, Caracterização estrutural de duas proteínas humanas da família Heme-binding
Genny Verzé, Structural characterization of an exocellulase from the Cellulosome of Clostridium thermocellum, Erasmus student from the Science Faculty of the University of Verona, Italy

Past undergraduate students
Patrícia Nascimento, Estudo da interacção molecular entre os humanos e o seu microbioma (Biochemistry Project work at Departamento de Química, FCT-UNL)
Ana Margarida Tomé, Characterization of a novel LysM domain essential in the recognition of the cellular wall of fungi and bacteria (Biochemistry Project work at Departamento de Química, FCT-UNL)
Chelsea Gysin, Determinantes Moleculares de Especificidade em CBMs da família 11; produção e caracterização estrutural de mutantes específicos. Research student contracted for project PTDC/QUI/68286/2006
Aldino Viegas, Determinantes Moleculares de Especificidade nos CBMs da família 11, final graduation thesis of Licenciatura em Bioquímica, Faculdade de Ciências – Universidade de Lisboa
Ricardo Caldeira, Biologia Molecular e Estrutural de Proteínas do Celulossoma, final graduation thesis of Licenciatura em Química Aplicada, Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa. (co-supervision)
Gonçalo Nunes, Estudos cristalográficos sobre a interacção de líquidos iónicos e nanopartículas com macromoléculas biológicas (Biochemistry Project work at Departamento de Química, FCT-UNL)
João Ramos, Bionanoconjugados de nanopartículas de ouro na resolução da estrutura 3D de macromoléculas biológicas (Biochemistry Project work at Departamento de Química, FCT-UNL) 
Magda Ferreira, 2nd Lab Rotation of Biomolecular Techniques I at Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa
Diana Silva, Bionanoconjugados de nanopartículas de ouro na resolução da estrutura 3D de macromoléculas biológicas (Biochemistry Project work at Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa) 
Filipa Trovão, Caracterização estrutural de uma proteína do invólucro do vírus HIV-2 (Biochemistry Project work at Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa)
Elisabeth Pires, 1st Lab Rotation of Biomolecular Techniques I at Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa
Alina Kulakova, Bionanoconjugados de nanopartículas de ouro na cristalização de macromoléculas biológicas (Biochemistry Project work at Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa) 
Frederico Marques, 3rd Lab Rotation of Biomolecular Techniques I at Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa
Raquel Cordeiro, 2nd Lab Rotation of Biomolecular Techniques I at Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa 
Ana Cláudia Fonseca, Lisozima e Líquidos Iónicos, Biochemistry Project work at Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa
Andreia Rodrigues Josefino Lopes, Caracterização dos mecanismos de reconhecimento e ligação de polissacáridos a proteínas por Cristalografia de Raios-X e Ressonância Magnética Nuclear, 1-year research work financed by the Fundação para a Ciência e a Tecnologia with an Integration into Research Grant (BII), Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa
Joana Catarina Onofre Pinto Ferreira Serra, Caracterização dos mecanismos de reconhecimento e ligação de polissacáridos a proteínas por Cristalografia de Raios-X e Ressonância Magnética Nuclear, 1-year research work financed by the Fundação para a Ciência e a Tecnologia with an Integration into Research Grant (BII), Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa
Pedro Quaresma, Cristalografia de Raios-X: alterações estruturais no citocromo c3 a pH baixo, short-term research work in Química-Física II, Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa
Raquel Gomes, Cristalografia de Raios-X: alterações estruturais no citocromo c3 a pH baixo, short-term research work in Química-Física II, Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia – Universidade Nova de Lisboa